Em substituição da Capela de S. Miguel, a Igreja de São Francisco, a única de arquitectura gótica na cidade do Porto, começou a ser edificada em 1383, tendo sido acabada em 1410.
Sofrendo várias alterações ao longo dos tempos, estas não alteraram o seu cunho arquitectónico.
No século XVII e século XVIII, contrastando com a austeridade das linhas góticas exteriores, a igreja foi exuberantemente decorada interiormente por talha barroca dourada.
Em seguimento à extinção das Ordens religiosas cuja lei data de 30 de Maio de 1834, a igreja serviu de armazém da Alfândega até 1839, tendo depois sido devolvida à Venerável Ordem Terceira de S. Francisco.
A igreja está classificada como Monumento Nacional desde 1910.
A instalação dos Franciscanos na cidade do Porto não foi fácil nem pacífica. O primeiro grupo de seguidores do «Poverello» de Assis chegou a Portugal em 1216 e os primeiros conventos que fundaram foram os de Coimbra, Lisboa e Guimarães. À medida que os discípulos iam aumentando, novos cenóbios foram criados noutras localidades do Reino, cedo granjeando a simpatia e o apoio das populações. Em 1232, alguns cidadãos do Porto solicitaram aos frades menores que se instalassem na cidade, fundando aqui um convento.
Um velho portuense ofereceu-lhes mesmo um terreno que possuía no sítio chamado da Redondela (sensivelmente no local onde está agora o Palácio da Bolsa e a igreja de S. Francisco),nas faldas do monte que subia para o Olival, designado Belomonte. A oferta foi aceite com agrado e logo os Franciscano
s trataram de se instalar na cidade. Nesse tempo, o bispo D. Martinho Rodrigues andava em litígio com o rei D. Sancho II. por causa dos limites do couto episcopal. Argumentava o bispo que o burgo de que era senhor (desde a doação de D. Teresa a D. Hugo e seus sucessores, em 1120) tinha como limite o rio Frio, que descia pelo monte das Virtudes, em Miragaia, e ia desaguar no Douro mais ou menos onde se construiu o edifício da Alfândega. Contrapunha o rei que o «canal maior» referido como limite no documento de doação (texto em que se estribava também o prelado, mas com interpretação diversa) não era esse rio, mas sim o rio da Vila, que corria mais a oriente, por onde são agora as ruas de Mouzinho da Silveira e de S. João (e corre ainda hoje, mas agora canalizado sob essas ruas). Ora, nesse ano de 1232, quando os Franciscanos chegaram ao Porto, o bispo estava ausente da cidade, tendo-se deslocado a Roma precisamente para tentar resolver junto do Papa a discórdia que o opunha a D. Sancho.
Esta era uma questão antiga que já tinha provocado vários conflitos entre a Mitra e a Coroa e iria dar azo a muitos outros. A criação do concelho de Vila Nova Gaia (Vila Nova del Rei, como é referida em documentos do tempo), em Setembro de 1255, deve-se, em certa medida a tais discórdias. De facto, D. Afonso III criou essa nova Vila, na margem esquerda do Douro, constituindo aí um burgo da Coroa, com que esta procurava eximir-se do pagamento dos dízimos dos direitos devidos aos bispos do Porto pelo t
ráfego que se fazia pelo rio. A criação de um burgo grandemente aforalado de privilégios em Gaia formando ali uma vila destinada a ser rival da povoação eclesiástica da margem fronteira foi uma forma hábil de o rei afrontar o bispo. Este apelou para o Papa e D. Afonso III cedeu, à hora da morte, mas o «veneno» da divisão já estava lançado...Os frades, entretanto, tomando posse do terreno doado, começaram a construir, em 1233, o seu convento, junto duma capela que ali existia, da invocação de S. Miguel e que seria substituída, anos mais tarde, pela igreja que haveria de ser o núcleo do majestoso templo gótico que ainda hoje se ergue no local.
Começadas as obras, o Deão e o Cabido, na ausência do bispo, advertiram os frades de que não podiam construir o convento sem licença do prelado, o legítimo senhor do terreno, e embargaram as obras. Os frades, que alinhavam no entendimento do rei acerca dos limites do couto, e por ele apoiados, não acataram a proibição, ( então os cónegos impediram as obras pela força «à mão armada», dizem alguns cronistas), tendo os Franciscanos fugido para bordo de vários navios ancorados no Douro.
A pedido dos frades, D. Sancho II. interveio, aproveitando esse incidente para afrontar uma vez mais o bispo e ordenou a continuação das obras, reafirmando que o convento estava a ser construído já fora dos limites do burgo, em terrenos da Coroa. Quando D. Martinho regressou de Roma, em 1254, e teve conhecimento destas ocorrências, confirmou as determinações do Cabido e fulminou com a excomunhão todos os que não acatassem essa ordem ou protegessem os frades, ordenando a sua imediata expulsão da cidade.
Os Franciscanos , confiados no apoio do rei, não obedeceram e o bispo não esteve com meias medidas, expulsou-os violentamente, mandou destruir e incendiar o convento e meteu na prisão o homem que lhes tinha dado o terreno. D. Martinho morreu em 1255. Sucedeu-lhe D. Pedro Salvadores, que, pressionado pelo Papa, teve atitude diferente permitindo que os Franciscanos erguessem o seu convento. Para o que muito contribuiu também a intercessão do próprio D. Sancho II. (um rei profundamente religioso e que era terceiro secular de S. Francisco, daí lhe vindo o cognome de «Capelo», devido à veste que usava, semelhante à dos frades).
Curiosamente, a entrada dos dominicanos no Porto fica a dever-se, em larga medida, a este conflito com os Franciscanos, D. Pedro Salvadores, ao permitir que estes se
instalassem na cidade chamou também os frades de S. Domingos, oferecendo-lhes um terreno para construírem um convento ao lado do dos Franciscanos...Ao fim de todos estes conflitos, em 1244, puderam os Franciscanos erguer o seu convento, que se foi alargando e enriquecendo ao longo dos séculos e subsistiu até 1852. Na noite de 24 de Junho desse ano, no aceso da lutas do Cerco do Porto e estando então o convento ocupado pelas forças liberais, deflagrou um grande incêndio que destruiu completamente a parte conventual, poupando apenas a igreja. Nas ruínas do extinto convento, cedidas definitivamente, em 1841, pelo Governo à Associação Comercial do Porto, ergueu esta, depois, o Palácio da Bolsa.Frades mendicantes.O estabelecimento das ordens mendicantes no Porto data da primeira metade do século XIII. Nessa altura, tanto os Franciscanos como os dominicanos construíram na cidade os seus primeiros conventos, praticamente lado a lado. As construções conventuais e as respectivas cercas englobavam então toda a área ocupada, na actual urbanização, pela Praça do Infante, o Mercado Ferreira Borges, o Palácio da Bolsa e as ruas de Ferreira Borges, do Comércio do Porto e da Bolsa. Mas, desses dois antigos conventos de S. Francisco e de S. Domingos resta hoje apenas a igreja gótica de S. Francisco e algumas reminiscências toponímicas.Igreja de S. Francisco.
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A muralha da cidade, com caracteristicas da baixa Idade Média, mantém-se nas suas linhas essenciais, com troços bem conservados e elementos arquitectónicos significativos. Destacam-se a chamada Porta de Avis (referida em 1353), a Porta de Mendo Estevens (Porta do Moinho de Vento), a Porta da Alagoa (defendida por uma torre), a Porta de Alconchel (a principal da cidade, protegida por dois grandes torreões). O troço de muralha entre as Portas da Alagoa e do Raimundo manteve-se íntegro durante as épocas posteriores, não sendo alterado nas campanhas de obras dos séculos XVII e XVIII. A Porta da Alagoa, entretanto, encontra-se atualmente muito descaracterizada por reedificações sucessivas. A chamada Porta do Raimundo, demolida em 1880, foi reconstituída como uma composição revivalista.
Jardim com repuxo e bancos de painéis em azulejo representando quadros da História de Portugal.
