O seu projeto foi concebido no contexto das comemorações do "IV aniversário da partida de Vasco da Gama, para a descoberta do Caminho Marítimo para a Índia", com o apoio de Carlos I de Portugal, pioneiro da Oceanografia no país.
O terreno em que foi construído foi cedido pelo Ministério das Obras Públicas e os trabalhos, sob a responsabilidade da Comissão Executiva do arto Centenário do Descobrimento do Caminho Marítimo para a Índia, tiveram a orientação do cientista Albert Girard.
Foi inaugurado em 21 de Maio de 1898, na presença do soberano e tinha expostas, além das espécies que passaria a exibir normalmente, as coleções zoológicas reunidas durante as campanhas oceanográficas que o monarca empreendera a bordo do iate real "D. Amélia".
Com o término das comemorações, o Aquário passou às mãos do Estado português, que por sua vez entregou a sua administração e exploração à Sociedade Portuguesa de Geografia. Por falta de recursos, até 1901, o Aquário esteve praticamente sem orientação técnica, vindo a degradar-se. A partir dessa data o Governo entregou-o ao Ministério da Marinha, nomeando como Director um conceituado jornalista, Armando Silva, que alimentava profundo interesse pelas Ciências Naturais.
Apesar do esforço empreendido para a recuperação do Aquário, o relacionamento de Armando Silva com o Governo degradou-se, vindo a ser substituído por outro jornalista, Francisco Machado Vieira. Em 1908, a Sociedade Portuguesa de Ciências Naturais, instalou-se no Aquário, com a direção do professor Almeida Lima.
Fonte: Wikipédia e http://aquariovgama.marinha.pt/PT/Pages/homepage.aspx
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